חוק רשויות התחבורה המטרופוליניות, המבקש להעביר את האחריות על התחבורה הציבורית מהממשלה לשלטון המקומי – עומד על הפרק משנת 1996 • כעת הוא שוב על השולחן ועולות שאלות סביב העצמאות שתינתן לרשויות מול המדינה והאם הכוח לא נותר במשרד התחבורה.
במקביל, גם מנגנון קביעת המדיניות הארצית נותר בידי משרד התחבורה. השילוב הזה מעלה חשש שהרשויות החדשות לא יהיו עצמאיות באמת, וששיקולים פוליטיים ימשיכו להשפיע על קבלת ההחלטות, גם ברמה האזורית. כפי שמתארת יעל שכטר־סיטמן מלובי 99: "כרגע הצעת החוק עדיין משמרת כוח משמעותי בידי השר", היא מוסיפה כי "אם כבר מקימים גוף כזה, צריך לבזר את הסמכויות עד הסוף".
